Este reino biogeográfico incluye a casi toda la zona intertropical del continente americano, dentro de la cual se halla la mayor parte de América del Sur, toda Centroamérica, todas las islas del Caribe así como una parte de Norteamérica meridional. En la República Mexicana, son parte de este Reino la Península de Yucatán, las tierras bajas desde el sur de Sonora hacia abajo en occidente y desde el sur de Tamaulipas hacia abajo en oriente; todas las tierras al sur del Eje Neovolcánico Mexicano, así como el extremo sur de la Península de Baja California. En los Estados Unidos, el Reino incluye el sur de Florida así como el Valle del Río Grande en el sur de Texas.
Aunque por lo general se incluye a Sudamérica templada dentro del Reino Biogeográfico Neotropical, aquí no lo haremos debido a la fuerte influencia en su flora procedente de aquella de origen templado que nació y prosperó en la Antártida a mediados del periodo Cretáceo (hace 75-65 millones de años), con evolución y características muy distintas a las de la flora neotropical, y a una fauna que, a pesar de contener varios elementos neotropicales, éstos pierden números en todos los órdenes en cuanto avanzamos más hacia el sur de los 32° S.
El Reino Neotropical o Neotrópico está delimitado por sus similitudes tanto en fauna como en flora, las cuales están caracterizadas, entre otras cosas, por una enorme diversidad de aves, reptiles, anfibios, así como plantas que hoy constituyen cultivos de enorme importancia en prácticamente todo el Mundo. Sus plantas y animales son muy distintos de los del Reino Neártico, que incluye a la mayor parte de Norteamérica, debido a la larga separación entre los dos subcontinentes. La formación del Istmo Centroamericano (también conocido como Istmo de Panamá) unió ambas masas subcontinentales hace apenas 3 millones de años, precipitando lo que se conoce como el «Gran Intercambio Americano», el cual resultó en términos netos con la extinción masiva de especies animales sudamericanas por la competencia con especies del norte y con la expansión hacia Norteamérica de la flora neotropical, que sustituyó en buena medida a la antigua flora tropical de Laurasia.
El Neotrópico incluye más selvas tropicales húmedas (o selvas tropicales altas perennifolias, como se les conoce en México) que cualquier otro reino biogeográfico, las cuales se extienden desde el sur mexicano a través de Centroamérica, el norte de Sudamérica y hasta el sur de Brasil, incluyendo la vasta Selva del Amazonas. Estas ecorregiones selváticas son una de las más importantes reservas de biodiversidad en la Tierra. Las selvas neotropicales también son hogar de una gran variedad de pueblos indígenas, quienes persisten con variados grados de éxito en la conservación de su autonomía y culturas tradicionales dentro de su ambiente natural.
De hecho, este Reino alberga a las poblaciones indígenas (en términos absolutos y de densidad poblacional) más elevadas de todo el continente americano (y por consecuencia, de todo el Mundo) y, pese a que las influencias externas de gobiernos y empresas tanto nacionales como extranjeras continuan rodeando, explotando, destruyendo y alterando sus tierras comunales y ambientes a través de la urbanización, la construcción de caminos, la ganaderia, la minería y las industrias forestales, continúa siendo la mayor reserva de diversidad humana nativa de América.
Se estima que sólo en Sudamérica hay todavía entre 350 y 400 lenguas y dialectos indígenas aún vivas, una gran disminución de aquellas 1,500 que se cree se hablaban en el subcontinente a la llegada de los españoles y portugueses, divididas en 37 familias lingüísticas distintas así como en números adicionales de lenguajes tanto aislados como no clasificados. Muchas de las lenguas sobrevivientes así como sus culturas también están amenazadas. De este modo, la conservación de los recursos naturales en el Reino Neotrópical es un tema político-social candente de un análisis complejo, pues involucra diversos debates entre el desarrollo económico y su compatibilidad con las culturas indígenas, sus derechos humanos, su acceso a los recursos de la tierra, así como su sistema comunal de propiedad sobre los mismos.
Existen 31 familias de aves que son endémicas al Neotrópico, más del doble que en cualquier otro Reino Biogeográfico, por lo que a veces a la zona Neotropical se le da el nombre del «Reino de las aves». Aquí se incluyen a tángaras, ñandús, tinamúes, pavones, tiluchíes, horneros y tucanes. Algunas familias originalmente endémicas al Neotrópico incluyen a los colibríes (famila Trochilidae) y a los chochines o pepenchas (familia Troglodytidae). En cuanto a los mamíferos, algunos grupos originalmente únicos del Reino incluyen a armadillos, perezosos y osos hormigueros (órden Xenarthra o de los desdentados); a todos los monos o simios del Nuevo Mundo; a todos los roedores del infraórden Caviomorpha («en forma de cavia o chinchilla») como los capibaras, los cuyos y las chinchillas, así como marsupiales americanos: Los tlacuaches y las zarigüeyas ratón.
Hay 63 familias y subfamilias de peces endémicas al Reino Neotropical, más que en cualquier otro Reino. Estos incluyen a más de 5,700 especies, y representan al menos 66 linajes distintos en las aguas dulces continentales. La muy bien conocida piraña de panza roja es endémica al Neotrópico, y ocupa un área geográfica más grande que cualquier otra especie de piraña.. Otros grupos de peces originalmente únicos al Neotrópico incluyen al órden Gymnotiformes (peces eléctricos neotropicales); la Familia Characidae (tetras neón); la Familia Loricariidae (peces gato acorazados); la subfamilia Cichlinae (cíclidos Neotropicales); y la subfamilia Poeciliinae (gupies y parientes). Otros animales que están total o casi totalmente restringidos al Reino Neotropical son los caimanes, las serpientes coralillo del Nuevo Mundo, las ranas venenosas y los anoles.
Algunas familias de plantas endémicas o subendémicas al Reino son, de acuerdo al biólogo y ecólogo ruso Armen Takhtajan, las siguientes: Hymenophyllopsidaceae, Marcgraviaceae, Caryocaraceae, Pellicieraceae, Quiinaceae, Peridiscaceae, Bixaceae, Cochlospermaceae, Tovariaceae, Lissocarpaceae (Lissocarpa), Brunelliaceae, Dulongiaceae, Columelliaceae, Julianiaceae, Picrodendraceae, Goupiaceae, Desfontainiaceae, Plocospermataceae, Dialypetalanthaceae (Dialypetalanthus), Nolanaceae (Nolana), Calyceraceae, Heliconiaceae, Cannaceae, Thurniaceae and Cyclanthaceae. Familias de plantas que se originaron en el Neotrópico incluyen a Bromeliaceae, Cannaceae y Heliconiaceae.
El Reino ha aportado al Mundo una gran parte de sus cultivos domesticados, empezando en importancia por el maíz (Zea mays), el segundo cereal más cultivado del planeta después del trigo, y base de la alimentación de la mayoría de las naciones americanas. Otros cultivos originados en el Neotrópico son la papa o patata (Solanum tuberosum), el tomate (Solanum lycopersicum), el cacao (Theobroma cacao) fuente de la cocoa y del chocolate, el frijol ancho (Phaseolus lunatus), el algodón (Gossypium barbadense), la yuca o mandioca (Manihot esculenta), el camote o batata (Ipomoea batatas), el aguacate o palta (Persea americana), el amaranto (Amaranthus caudatus), los pimientos, chiles o ajíes (Capsicum esp.) y la quinoa (Chenopodium quinoa).
Bioregión Centroamericana
Esta bioregión cubre el sur y las tierras bajas de México así como todos los países centroamericanos, excepto la parte más oriental de Panamá. Yace casi en su totalidad dentro del Trópico geográfico (salvo una parte que va de los 23°23′ a los 25°N en el noreste de San Luís Potosí y sur de Tamaulipas; y de los 23°23′ a los 27°N en Sinaloa y el sur de Sonora). Aquí podemos encontrar biomas como la selva tropical húmeda, la selva tropical seca caducifolia, los bosques tropicales de coníferas y, en las montañas más altas, bosques húmedos montanos, matorrales y pastizales de climas frescos. Limita hacia el sur y sureste con la Bioregión de Sudamérica del Norte, hacia el oriente con la Bioregión Caribeña y hacia el norte y noroeste con la Bioregión Madrense del Reino Biogeográfico Neártico.
América Central conecta a Norteamérica con Sudamérica, y este estrecho puente terrestre enmedio de dos grandes océanos fue completado apenas hace 2.8 millones de años cuando el Istmo de Panamá fue formado, uniendo a los dos subcontinentes por primera vez en decenas de millones de años. Como resultado del «Gran Intercambio Americano» biológico de plantas y animales, la flora y la fauna nativas de México y del resto de la bioregión quedaron formadas por una rica mezcla de formas de vida procedentes tanto del norte como del sur de América.
Algunos grandes mamíferos que viven en la bioregión incluyen al pecarí de labios blancos (Tayassu pecari), al tapir de Baird o centroamericano (Tapirus bairdii), al venado cola blanca (Odocoileus virginianus), al venado temazate (Mazama temama), a la cornezuela de Yucatán (Mazama pandora), al hormiguero gigante (Myrmecophaga tridactyla), el perezoso bayo (Bradypus variegatus), el jaguar (Panthera onca), el puma (Puma concolor) y el ocelote (Leopardus pardalis).
Las plantas de origen sudamericano llegaron a dominar las tierras bajas de la bioregión una vez que se completó el Istmo Centroamericano de la misma manera que lo hicieron los peces de agua dulce y los invertebrados. Como ejemplo de ello, el 95% de los peces de agua dulce de la Bioregión Centroamericana provienen de América del Sur, siendo sólamente el pejelagarto (Atractosteus tropicus), tres especies de sardinas o arenques (Dorosoma), un catostómido (Ictiobus) y un bagre de agua dulce (Ictalurus) de orígen norteamericano.
La vegetación montana de la bioregión es mayormente distinta de aquella de las tierras más bajas, e incluye, especialmente en el estrato arbóreo, una gran cantidad de especies con orígenes en Norteamérica templada como los encinos (Quercus), pinos (Pinus), capulines (Prunus), cipreses (Cupressus), abetos (Abies), sabinos (Taxodium) y alisos (Alnus); especies con origen paleotropical laurásico como el palo zopilote (Oreomunnea), el guayabillo (Matudaea) y el cedrillo (Alfaroa), así como algunas especies con orígenes en Sudamérica templada como Podocarpus, Weinmannia y Drimys.
Pangea 